民國89年4月25日第6次修憲前，依憲法第174條規定，國民大會擁有修憲之提案權與議決權，立法院亦得提出憲法修正案送請國民大會複決。唯在89年第6次修憲之前的歷次修憲，都是由國民大會代表提出修憲案並由國民大會議決，立法院從未行使此項職權。
民國89年第6次修憲，將國民大會改為任務型國大，其修憲職權大幅限縮，僅能複決立法院提出之憲法修正案，國民大會不再有修憲提案權，僅立法院有權提出憲法修正案。自此以後，憲法修正程序為：由立法院提出憲法修正案，送請任務型國民大會複決，此即為一般所稱的「二機關二階段」的修憲程序。
憲法為國家之根本大法，其位階與效力高於法律，因此，憲法修正案在立法院的審議，除準用法律案的三讀及黨團協商程序外，其提案人數、議決時的出席人數、通過人數的門檻均遠高於法律案。具體言之，法律案僅15位委員連署即可提出，其議決為立法委員三分之一出席，出席委員過半數的同意即為通過。而憲法修正案之提出，應有立法委員四分之一之提議，立法委員四分之三之出席，出席委員四分之三之決議。
民國89年5月政黨輪迭，民進黨執政，但立法院民進黨委員席次未過半，行政部門與立法院之互動時生爭議。89年底有民間社團鼓吹「立委減半」，其後，立委減半即不斷被作為政治訴求的口號，部分政黨以「立委席次減半」作為90年年底第5屆立法委員選戰的主軸號召。
民國91年2月1日第5屆立法委員就任，3月12日第1會期第4次會議，許登宮委員等82人提出「中華民國憲法增修條文第四條條文修正草案」案，主張將立法委員人數減半成為113人。其後，陸續有以國會改革立委減半及其他議題為訴求之修憲案提出，總計在第5屆立法院，由委員提出經院會交付修憲委員會審查的修憲案共有19案。立法院於93年1月2日成立修憲委員會，並於2月20日推派召集委員，修憲委員會開始運作，於3月至5月間共召開4次審查會，併案審查院會交付的修憲案。由於院會交付審查的修憲案多達19案，且其內容除國會改革之外，尚包括其他多項議題，短期間內無法全部完成審查。部分委員急於推動國會改革，爰另行提案逕付二讀，希望儘快完成三讀程序。
民國93年3月12日柯建銘委員等81人提出「中華民國憲法增修條文第四條條文修正草案」案，主張立委席次減半成為113人，並改採單一選區兩票制方式選舉，本項修憲提案經院會決定：逕付二讀。3月23日廖風德委員等61人提出「中華民國憲法增修條文部分條文修正草案」案，除主張立委席次半，改採單一選區兩票制選舉方式外，並要求廢除國民大會，本項提案亦逕付二讀，與柯建銘委員提案併案協商。以上兩項修憲提案在第5會期間經王金平院長4次召集黨團協商，但各黨團意見並不一致，未達成共識。
93年8月11日至8月24日，立法院召開第5屆第5會期第1次臨時會，關於修憲部分，修憲委員會依據院會的決定，自8月16日至18日邀請憲政學者專家，並舉行6場修憲公聽會。各黨團協商後決定，8月23日院會處理兩項修憲提案。
93年8月23日上午王院長再度邀集朝野黨團，作兩案院會處理前的最後協商，直至當日下午，各黨團同意以求同存異方式處理。由立法院法制局依各黨團意見整理出修正參考條文，各黨團如認為修正參考條文可以接受，即予簽署，以各黨團共同修正動議提出，作為協商有共識的部分；如認為修正參考條文無法接受，可不參加簽署，另外自行提出修正動議，一併提請院會表決。5個黨團在當日下午4時半完成修正參考條文之簽署，兩項修憲提案的協商終於完成。
93年8月23日下午5時，院會開始處理修憲提案，逐條進行記名表決，出席委員201人，超過立法委員四分之三之人數，表決結果，憲法增修條文第1條、第2條、第4條、第5條及第8條，5個黨團共同提出的修正動議，贊成者均超過出席委員四分之三，均照共同修正動議條文通過。至於增訂的第12條條文，表決結果，照民進黨團、國民黨團、親民黨團及無黨聯盟黨團等4個黨團所提的共同修正動議條文通過。台聯黨團所提修正動議，少數不通過。修憲提案於逐條完成二讀後，隨即進行三讀，三讀時，全案提付表決，出席委員198人，全數贊成，全案完成三讀程序。
立法院於民國93年8月26日依憲法增修條文第1條第1項規定，公告三讀通過的憲法修正案全文。8月27日將全文函請總統府秘書長轉陳總統，並分別函知行政院、司法院、考試院及監察院。憲法修正案第一階段，在立法院提案、協商、表決通過及公告的程序全部完成。
民國89年第6次修憲，將國民大會改為任務型國大，其修憲職權大幅限縮，僅能複決立法院提出之憲法修正案，國民大會不再有修憲提案權，僅立法院有權提出憲法修正案。自此以後，憲法修正程序為：由立法院提出憲法修正案，送請任務型國民大會複決，此即為一般所稱的「二機關二階段」的修憲程序。
憲法為國家之根本大法，其位階與效力高於法律，因此，憲法修正案在立法院的審議，除準用法律案的三讀及黨團協商程序外，其提案人數、議決時的出席人數、通過人數的門檻均遠高於法律案。具體言之，法律案僅15位委員連署即可提出，其議決為立法委員三分之一出席，出席委員過半數的同意即為通過。而憲法修正案之提出，應有立法委員四分之一之提議，立法委員四分之三之出席，出席委員四分之三之決議。
民國89年5月政黨輪迭，民進黨執政，但立法院民進黨委員席次未過半，行政部門與立法院之互動時生爭議。89年底有民間社團鼓吹「立委減半」，其後，立委減半即不斷被作為政治訴求的口號，部分政黨以「立委席次減半」作為90年年底第5屆立法委員選戰的主軸號召。
民國91年2月1日第5屆立法委員就任，3月12日第1會期第4次會議，許登宮委員等82人提出「中華民國憲法增修條文第四條條文修正草案」案，主張將立法委員人數減半成為113人。其後，陸續有以國會改革立委減半及其他議題為訴求之修憲案提出，總計在第5屆立法院，由委員提出經院會交付修憲委員會審查的修憲案共有19案。立法院於93年1月2日成立修憲委員會，並於2月20日推派召集委員，修憲委員會開始運作，於3月至5月間共召開4次審查會，併案審查院會交付的修憲案。由於院會交付審查的修憲案多達19案，且其內容除國會改革之外，尚包括其他多項議題，短期間內無法全部完成審查。部分委員急於推動國會改革，爰另行提案逕付二讀，希望儘快完成三讀程序。
民國93年3月12日柯建銘委員等81人提出「中華民國憲法增修條文第四條條文修正草案」案，主張立委席次減半成為113人，並改採單一選區兩票制方式選舉，本項修憲提案經院會決定：逕付二讀。3月23日廖風德委員等61人提出「中華民國憲法增修條文部分條文修正草案」案，除主張立委席次半，改採單一選區兩票制選舉方式外，並要求廢除國民大會，本項提案亦逕付二讀，與柯建銘委員提案併案協商。以上兩項修憲提案在第5會期間經王金平院長4次召集黨團協商，但各黨團意見並不一致，未達成共識。
93年8月11日至8月24日，立法院召開第5屆第5會期第1次臨時會，關於修憲部分，修憲委員會依據院會的決定，自8月16日至18日邀請憲政學者專家，並舉行6場修憲公聽會。各黨團協商後決定，8月23日院會處理兩項修憲提案。
93年8月23日上午王院長再度邀集朝野黨團，作兩案院會處理前的最後協商，直至當日下午，各黨團同意以求同存異方式處理。由立法院法制局依各黨團意見整理出修正參考條文，各黨團如認為修正參考條文可以接受，即予簽署，以各黨團共同修正動議提出，作為協商有共識的部分；如認為修正參考條文無法接受，可不參加簽署，另外自行提出修正動議，一併提請院會表決。5個黨團在當日下午4時半完成修正參考條文之簽署，兩項修憲提案的協商終於完成。
93年8月23日下午5時，院會開始處理修憲提案，逐條進行記名表決，出席委員201人，超過立法委員四分之三之人數，表決結果，憲法增修條文第1條、第2條、第4條、第5條及第8條，5個黨團共同提出的修正動議，贊成者均超過出席委員四分之三，均照共同修正動議條文通過。至於增訂的第12條條文，表決結果，照民進黨團、國民黨團、親民黨團及無黨聯盟黨團等4個黨團所提的共同修正動議條文通過。台聯黨團所提修正動議，少數不通過。修憲提案於逐條完成二讀後，隨即進行三讀，三讀時，全案提付表決，出席委員198人，全數贊成，全案完成三讀程序。
立法院於民國93年8月26日依憲法增修條文第1條第1項規定，公告三讀通過的憲法修正案全文。8月27日將全文函請總統府秘書長轉陳總統，並分別函知行政院、司法院、考試院及監察院。憲法修正案第一階段，在立法院提案、協商、表決通過及公告的程序全部完成。
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